Джесси Айзенберг дебютировал на экране в 1999 году, снимаясь в телесериалах Get Real и Молния: Огонь с небес. В 2002 году получил награду на кинофестивале в Сан-Диего, снявшись в фильме Любимец женщин. Картина Императорский клуб вышедшая в этом же году тоже получила много похвальных отзывов. Этого времени актёр привлекает к себе большой интерес со стороны критиков и зрителей. Став звездой фильма Добро пожаловать в Zomвиленд, он снова объединился с режиссёром Рубеном Фляйшером для съёмок нового фильма, на этот раз комедии, под названием 30 минут или меньше. А ещё осенью он появиться в фильме Дэвида Финчера Социальная сеть, где Джесси сыграл одного из основателей Facebook Марка Цукенберга.